Las tres guerras civiles sudanesas. Segunda guerra civil o guerra de Independendia de Sudán del Sur (1983-2005)
Fue en gran medida una continuación de la primera guerra civil sudanesa (1955-1972). Aunque se originó en el sur del país, la guerra se extendió a las Montes Nuba y al Nilo Azul.
Los veintidós años que duró han hecho de ella una de las guerras civiles más largas de las que se tiene constancia. El final del conflicto supuso la creación de Sudán del Sur seis años después de su conclusión.
Los actores fueron el gobierno central sudanés y el Ejército Popular de Liberación de Sudán. Fue en gran medida una continuación de la primera guerra civil sudanesa de 1955 a 1972.
Aunque se originó en el sur de Sudán, la guerra civil se extendió a las montañas Nuba y al Nilo Azul. Duró 22 años y es una de las guerras civiles más largas registradas. La guerra dio lugar a la independencia de Sudán del Sur seis años después de su finalización.
Los Acuerdos de Addis Abeba que daban fin a la primera guerra civil se incorporaron a la Constitución de Sudán; la violación del acuerdo condujo a la segunda guerra civil.
En 1974, 1975 y febrero de 1976 se produjeron varios motines de antiguos Anyanya; el motín de marzo de 1975 en Akobo se saldó con 200 muertos, 150 soldados ejecutados y 48 más condenados a penas de prisión de hasta 15 años.
El presidente Jaafar Nimeiry intentó hacerse con el control de los yacimientos petrolíferos situados en la frontera norte-sur. Se había descubierto petróleo en Bentiu en 1978, en el sur de Kurdufán y en el Alto Nilo Azul en 1979, en los yacimientos de Unity en 1980 y en los de Adar en 1981, y en Heglig en 1982. El acceso a los campos petrolíferos suponía un importante beneficio económico para quien los controlara.
En 1983 el presidente Nimeiry declaró todo Sudán como un estado islámico, acabando con la Región Autónoma del Sur de Sudán.
El Ejército Popular de Liberación de Sudán (SPLA) se fundó en 1983 como grupo rebelde, para restablecer un Sudán del Sur autónomo luchando contra el gobierno central.
En septiembre de 1985 Numeiry anunció el fin del estado de excepción pero pronto promulgó una nueva ley judicial, que continuaba con muchas de las prácticas de los tribunales de excepción. A pesar de las garantías públicas de Nimeiry de que se respetarían los derechos de los no musulmanes, los sureños y otros no musulmanes siguieron desconfiando profundamente.
El 6 de abril de 1985, oficiales militares de alto rango dirigidos por el general Abdul Rahman Suwar ad-Dahhab dieron un golpe de estado. Una de las primeras medidas del nuevo gobierno fue suspender la constitución de 1983, anular el decreto que declaraba la intención de Sudán de convertirse en un estado islámico y disolver la Unión Socialista de Sudán de Nimeiry. Sin embargo, no se suspendieron las «leyes de septiembre» que instituían la sharia islámica.
En consulta con una conferencia informal de partidos políticos, sindicatos y organizaciones profesionales -conocida como la «Reunión»- el consejo militar nombró un gabinete civil provisional,
Las elecciones se celebraron en abril de 1986, y un consejo militar de transición entregó el poder a un gobierno civil, tal como se había prometido. El gobierno estaba encabezado por el primer ministro Sadiq al-Mahdi, del Partido Umma. Estaba formado por una coalición del Partido de la Umma, el Partido Democrático Unionista (DUP) (anteriormente el NUP-Partido Nacional Unionista), el Frente Nacional Islámico (NIF) de Hassan al-Turabi, y varios partidos de la región sur. Esta coalición se disolvió y reformó varias veces en los años siguientes, con el primer ministro Sadiq al-Mahdi y su Partido de la Umma siempre en un papel central.
En mayo de 1986, la coalición gubernamental de Sadiq al-Mahdi inició las negociaciones de paz con el Ejército Popular de Liberación de Sudán (SPLA), dirigido por el coronel John Garang.
En 1988, el SPLA y el DUP acordaron un plan de paz que exigía la abolición de los pactos militares con Egipto y Libia, la congelación de la sharia, el fin del estado de emergencia y el alto el fuego. Sin embargo, durante este periodo la segunda guerra civil intensificó su letalidad y la economía nacional siguió deteriorándose. Cuando se aumentaron los precios de los productos básicos en 1988, se produjeron disturbios y se anularon las subidas de precios. Cuando el primer ministro Sadiq al-Mahdi se negó a aprobar un plan de paz alcanzado por el Partido Democrático Unionista (DUP) y el Ejército Popular de Liberación de Sudán (SPLA) en noviembre de 1988, el DUP abandonó el gobierno. En febrero de 1989, el ejército presentó al primer ministro Sadiq al-Mahdi un ultimátum: podía avanzar hacia la paz o ser destituido. Optó por formar un nuevo gobierno con el DUP, y aprobó el SPLA
Sin embargo, el 30 de junio de 1989, oficiales militares bajo el mando del entonces coronel Omar Hassan al-Bashir, con la instigación y el apoyo del Frente Islámico Nacional (FIN), sustituyeron el gobierno de Sadiq al-Mahdi por el Consejo de Comando Revolucionario para la Salvación Nacional (CCR), una junta militar de 15 oficiales militares (jefe de Estado; primer ministro; y jefe de las fuerzas armadas.
El gobierno militar de RCC al-Bashir prohibió los sindicatos, los partidos políticos y otras instituciones «no religiosas». Unos 78.000 miembros del ejército, la policía y la administración civil fueron purgados para remodelar el gobierno.
En 1993, el gobierno trasladó a la mayoría de los jueces no musulmanes del sur al norte, sustituyéndolos por jueces musulmanes en el sur. La introducción de la Policía de Orden Público para hacer cumplir la ley de la shari»a dio lugar a la detención, y al tratamiento con penas de la shari»a, de los sureños y otros no musulmanes que vivían en el norte.
El Ejército Popular de Liberación de Sudán (SPLA) controlaba amplias zonas de las provincias de Equatoria, Bahr al Ghazal y Alto Nilo, y también operaba en las partes meridionales de las provincias de Darfur, Kordofán y Nilo Azul. El gobierno controlaba varias de las principales ciudades del sur, como Juba, Wau y Malakal. Un alto el fuego informal en mayo se rompió en octubre de 1989.
En julio de 1992, una ofensiva gubernamental se apoderó del sur de Sudán y capturó el cuartel general del SPLA en Torit.
La actividad generalizada de los militantes insurgentes y progubernamentales y la creciente anarquía en el sur de Sudán provocaron la militarización de muchas comunidades. La violencia étnica se generalizó y todos los bandos tomaron como objetivo a los civiles para destruir las bases de poder y los centros de reclutamiento de sus rivales.
Las Fuerzas Armadas de Sudán se hicieron famosas por reprimir brutalmente a todos los disidentes civiles.
Al mismo tiempo, el SPLA aplastó sin piedad toda la oposición interna y externa en la medida de lo posible, incluidas otras facciones rebeldes como los insurgentes de Anyanya II y los críticos en sus propias filas. Garang se hizo tristemente célebre por su estilo de liderazgo autoritario, y ordenó la tortura y ejecución de varios comandantes disidentes del SPLA. Con el tiempo, un número creciente de miembros del SPLA desconfiaron de su gobierno y empezaron a conspirar contra él.
En agosto de 1991, la disidencia interna entre los rebeldes llevó a los opositores al liderazgo de Garang, sobre todo a Riek Machar y Lam Akol, a intentar un golpe de estado contra él. Fracasó, y los disidentes se separaron para formar su propia facción del SPLA, el SPLA-Nasir.
La administración de Bill Clinton prohibió las inversiones estadounidenses en el país y suministró dinero a los países vecinos para repeler las incursiones sudanesas. Estados Unidos también comenzó a intentar «aislar» a Sudán y empezó a referirse a él como un Estado delincuente
En 1995, Eritrea, Etiopía y Uganda intensificaron su ayuda militar al SPLA hasta el punto de enviar tropas activas a Sudán.

En 1997, siete grupos del bando gubernamental, liderados por el antiguo lugarteniente de Garang, Riek Machar, firmaron el Acuerdo de Paz de Jartum con el NIF, formando así el paraguas, en gran medida simbólico, de las Fuerzas de Defensa de Sudán del Sur (SSDF). Además, el gobierno firmó los acuerdos de las montañas Nuba y Fashoda con las facciones rebeldes. Entre ellos se encuentran los acuerdos de Jartum, que pusieron fin al conflicto militar entre el gobierno y las principales facciones rebeldes. Muchos de esos líderes se trasladaron entonces a Jartum, donde asumieron funciones marginales en el gobierno central, o colaboraron con el gobierno en compromisos militares contra el SPLA.
Estos tres acuerdos eran paralelos a los términos y condiciones del acuerdo de la IGAD, que pedía un grado de autonomía para el sur y el derecho de autodeterminación.
No obstante, el SPLA logró importantes avances en 1997 debido al éxito de la Operación Rayo, una ofensiva durante la cual los separatistas sursudaneses arrebataron al gobierno la mayor parte de Equatoria Central y Occidental.
Las conversaciones de paz entre los rebeldes del sur y el gobierno avanzaron sustancialmente en 2003 y principios de 2004, aunque continuaron las escaramuzas en partes del sur. El 9 de enero de 2005 se firmó en Nairobi un Acuerdo General de Paz.
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